Para poder ver .mkv e outras extensões video:
URL: http://www.matroska.org
sakei o VLC e já agora pergunto
MPlayer, VLC, xine ou Gstreamer - Qual o melhor?
para instalar os codecs é só fazer como está na página ou então seguir já por aqui para o caso de quererem instalar o VLC:
% sudo apt-get update
% sudo apt-get install vlc vlc-plugin-esd mozilla-plugin-vlc
e está.
Agradeço que postem outros links para codecs também essenciais.